キーボードのShiftキーを押した状態でIllustStudioを
起動すると、[初期設定をクリアして起動しますか？]の
メッセージが出るので、[はい]を選択すると初期化起動
ダイアログが出ます。
こちらで[ツールセット]のみにチェックを入れて[OK]すると、
ペンやブラシなどのツールだけが初期化され、デフォルトのブラシも
復活します。
なお、初期化するとカスタマイズしたブラシや自作のブラシなどは
消えてしまいますので、バックアップしたい場合はこちらを参考に
ブラシの書き出しを行ってください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。