ツールの設定を保存しておくことはできますか？

ブラシの太さや消しゴムの太さなどの各種ツール設定は、保存しておくことができません。

WEB PAINT for PCで設定を保存しておけるのは、[カラー]パレットのカラーセット情報だけです。

カラーセット情報は、[ファイル]メニューの[設定を保存]から保存することができます。
または、カラーセットの右上の[設定を保存]ボタンからも保存していただけます。