グレーレイヤーにグレーの描画をするとトーンになってしまうのですが？

グレーレイヤー作成時の減色手法を[トーン化]にしていると考えられます。
減色手法が[トーン化]の場合は、トーンの濃度で灰色が表現されます。
(実質的には2値になります)

トーン化させたくない場合は、グレーレイヤー作成時に、減色手法を[減色しない]にしてください。