紅理奈くり～むさまこんばんは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
線画の色を変えられたいとのことですが、
線の色を変えるには「編集」→「特殊な描画」の「線の色を描画色に変更」を使用するなど
いくつかの方法があります。
わたしが分かる範囲で順にご説明しますので、
紅理奈くり～むさまのお好きな方法で色を変えてみてください。
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線の色変更方法その1：
その1は「線の色を描画色に変更」を使用する方法です。
①まず色を変えられたい線画のレイヤ （以下「線画レイヤ」と表記） を選択します。
②つぎに描画色を変更なさりたい色に設定します。
（カラーパレットの3つ並んだ色のうち一番左のものに線の色が変更されますので
これを任意の色に変更しておきます。
・・・わたしは念のために両方とも同じ色に設定しますが＾＾；）
③「編集」→「特殊な描画」→「線の色を描画色に変更」を選択します。
④①で選択されたレイヤの色が②で設定した色に置き換わります。
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線の色変更方法その2：
その2は「下のレイヤにクリッピング」を使用する方法です。
①線画レイヤのすぐ上にラスタレイヤを1枚新たに作成します。
（線画レイヤを選択した状態で「レイヤ」→「新規ラスタレイヤ」を選択することで
現在選択中のレイヤのすぐ上にラスタレイヤが1枚作成されます）
②塗りつぶしツールを用いてこの新規レイヤを変更なさりたい色で塗りつぶします。
③「レイヤ」→「下のレイヤでクリッピング」を選択します。
④これで線が描かれた部分にのみ色が表示されるようになりますので
（表示されていないだけで実際にはまだレイヤ全体が塗りつぶされたままです）
この状態で「レイヤ」→「下のレイヤに結合」で新規レイヤと線画レイヤを結合します。
それとこの説明では塗りつぶしツールを用いて色をべた塗りしましたが、
それ以外にもエアブラシツールや水彩ツールなどを用いて線の上をなぞるように
着色することで色の濃淡を表現することも可能です。
また、パターンブラシを使用したりトーンで線を彩ったりすることも可能です。
（ラスタレイヤに対して使用 （適用） 可能なツールはすべて使用可能ですので、
たとえばグラデーションツールを使用した上から鉛筆ツールを使用するなどの
複数のツールによる組み合わせももちろん可能です）
それと上記の説明のうち②と③は逆になっても大丈夫ですので
紅理奈くり～むさまの作業しやすいほうでどうぞ。
（線の色の変化の仕方が分かりやすいですので
先にクリッピングしておいたほうがいいかもしれません）
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線の色変更方法その3：その3は「フィルタ」の「グラデ彩色」を使用する方法です。
①線画レイヤを選択します。
②「フィルタ」→「効果」の中から「グラデ彩色」を選択します。
③「グラデ彩色」ダイアログが表示されますので、グラデ一覧から任意のグラデを選択するか
ダイアログ右側に表示されているグラデーションをお好きな色に変更するかします。
（ダイアログ中央下にある「プレビュー」チェックボックスにチェックを入れることで
線の色がどのように変わるか分かるようになります）
④あとはダイアログ右下の「OK」を押すことでグラデ彩色による着色が適用されます。
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ちなみに「グラデ彩色」は対象がラスタレイヤの場合にのみ使用可能ですので、
もし紅理奈くり～むさまが線を描かれているレイヤがベクタレイヤの場合は
「グラデ彩色」の代わりに「グラデーションマップ」をお使いになってください。
ただ、「グラデーションマップ」は対象となったレイヤより下位に存在するすべてのレイヤに影響を及ぼしますので
そのまま使用するのではなくフィルタフォルダを作成されたほうがよろしいかと。
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線の色変更方法その3’（グラデーションマップを使用する場合）
①線画レイヤを選択します
②「レイヤ」→「フィルタフォルダ化」から「グラデーションマップ」を選択します。
あとは上記の③以降と同じです。
（グラデーションマップの場合、グラデ彩色と違いアンシャープマスクやガウスぼかしは
ダイアログから設定できませんが、これらはベクタレイヤには元から適用できないものですので
設定できたとしてもあまり意味はありません。
もしこれらを適用なさりたい場合は「レイヤ」→「レイヤのラスタライズ」で
ラスタレイヤに変換したあとでフィルタからこれらを選択、適用してください。
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線の色変更方法その4：
その4はレイヤプロパティの「レイヤカラーを使用する」による色の変更方法です。
（この方法は対象となる線画レイヤの表現色が「黒(1bit)」、「黒白(2bit)」、「グレー(8bit)」（以上ラスタレイヤ）、
「黒白(2bit)」（ベクタレイヤ）のいずれかである場合に使用可能な方法です。
レイヤの表現色が「カラー(32bit)」の場合は使用できませんので別の方法をお試しになってください。
①線画レイヤを選択します。
②「パレット」→「レイヤプロパティ」を選択し、「レイヤプロパティ」パレットを表示します。
③同パレットの一番下に存在する「レイヤカラーを使用する」にチェックを入れます。
④「メインカラー」のカラーボックスを選択し、「色の設定」ダイアログから任意の色を選択します。
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以上、線の色を変更する方法について取り留めもなくだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になれば幸いです。
それと乱文失礼いたしました。