あんごらうさぎさまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
お使いのソフトが何か書かれていませんし、最終的にどうされたいのかがよく分かりませんから
違うかもしれませんが、その白で塗られた部分を透明になさりたいということでしたら
「白を透明にして貼り付け」を使用する （イラスタ） 、「輝度を透明度に変換」を使用する （クリスタ） 、
レイヤの表現色をグレー（8bit）に変更する （イラスタ、クリスタ共通） などの方法で
白い部分を透明にすることができるかと思います。
（わたしはコミスタを所持していませんから、申し訳ありませんがコミスタについては説明いたしかねます）
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白を透明にする方法その1 《イラスタ、クリスタ共通》 ：
方法その1はレイヤの表現色を「グレー（8bit）」に変更する方法です。
1.まず問題の白く塗られた部分が存在するレイヤ （以下白塗りレイヤと表記） を選択します。
2.次に「レイヤ」→「レイヤの変換」を選択し、「レイヤの変換」ダイアログを表示します。
3.同ダイアログ内の「表現色」を「グレー（8bit）」 （「グレー」） に変更します。
4.あとは「OK」でダイアログから抜けることで白い部分が透過されます。
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白を透明にする方法その2 《イラスタ》 ：
その2は「白を透明にして貼り付け」を使用する方法です。
1.まず白塗りレイヤを選択し、「矩形選択（矩形選択）」でキャンバス全体を覆うように範囲指定したあと
「編集」→「コピー」でコピーします。
2.次に「編集」→「特殊なコピー」→「白を透明にして貼り付け」を選択します。
3.これで白塗り部分が透明になったレイヤが白塗りレイヤのすぐ上位に作成されるはずですから、
あとはこちらだけ残して元の白塗りレイヤを削除すれば完了です。
（選択範囲はもう必要ありませんからランチャの「選択を解除」などで解除してください）
この方法は簡単でいいんですが、
残念ながらRGB 255.255.255の完全な白にしか反応しませんので
白塗り部分がそれ以外の色で塗られている場合は
「白を透明にして貼り付け」を使用しても透明にならずに残ってしまいます。
ですので、その場合は「白を透明にして貼り付け」を実行する前に
白塗りレイヤの上にラスタレイヤを1枚作成して255.255.255の白で塗りつぶしたあと
「レイヤ」→「下のレイヤでクリッピング」でクリッピング後にこの両者を結合しておくことで
白塗り部分を透明にすることができるかと思います。
（「レイヤ」→「レイヤの設定」の「透明部分をロック」を使用したあとで
塗りつぶしツールを用いて白で塗りつぶしでもかまいませんが）
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白を透明にする方法その3 《クリスタ》 ：
その3は「輝度を透明度に変換」を使用する方法です。
1.まず白塗りレイヤを選択しておきます。
2.次に「編集」→「輝度を透明度に変換」を選択します。
以上です（笑）
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ここまで説明させていただいた方法以外にもマジックワンドを用いて範囲指定したあとで透明色で塗りつぶしたり
ゴミとりツールを使用して白塗り部分を除去するといった方法でも白塗り部分を透明にできますが、
おそらく上記1～3までの方法のどれかで対応できると思いますので
これらにつきましては省略させていただきます。
（マジックワンドはともかく、ゴミとりツールは現在のクリスタには存在しませんし）
もしこれらについて詳しくお知りになりたい場合はイラスタの使い方講座をご覧になるか
担当さまに質問されるかなさってください （丸投げ・・・）
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
各ソフトウェアによりご案内の手順が異なりますので、ソフトウェアの
名称をお知らせ頂けませんでしょうか。
レイヤーパレットで背景用に黒く塗りつぶしたレイヤーのみを表示させ、
他のレイヤーを非表示にした場合も黒く斑になってしまっていますでしょうか。
また、こちらは、「CLIPのみんなに聞いてみよう」になります。
ご使用のソフトのみんなに聞いてみように移動させて頂き、ご案内を
行わせていただければと思いますが、よろしいでしょうか。