ちっぽさまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
レイヤを複製したら複製したレイヤより下位に存在するレイヤが表示されなくなってしまったとのことですが、
そのコピーレイヤ （およびコピー元のレイヤ） の余白は透過されていますか？
あるレイヤより下位に存在するレイヤの絵などを表示するためには
その表示したいレイヤより上位に存在するレイヤ （この場合はコピーレイヤとコピー元レイヤ） の余白などが
透過されている必要があります。
（つまり透明な部分がどこかにないとそのレイヤより下位に存在するレイヤは隠れてしまって見えないことになります）
ですので、以下の方法でコピーレイヤの余白を透過したあと、コピー元レイヤを非表示にして
下位に存在するレイヤが表示されるか試してみてください。
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余白の透過方法その1：
その1は「レイヤの変換」で表現色を「グレー(8bit)」に変更する方法です。
この方法では対象となったレイヤ全体がグレーの濃淡 （白い部分ほどより透明に） となりますので
線画の余白を透過するにはいい方法ですが、着色されたレイヤに対しては向きませんのでご注意を。
1.まず余白を透過したいレイヤをカレントレイヤにしておきます。
（レイヤパレットからそのレイヤを選択、目玉アイコンの隣のボックスに
ペン先のアイコンが表示された状態にしておきます）
2.次に「レイヤ」→「レイヤの変換」を選択し、
「レイヤの変換」ダイアログ内の「表現色」を「グレー(8bit)」に変更します。
3.あとはダイアログ右下の「OK」を選択してダイアログから抜けることで変換が適用されます。
（対象となったレイヤのすぐ上位に表現色がグレーに変更された同名のレイヤが作成されているはずですので、
これのみを残して元からあったほうのレイヤは非表示に （あるいは削除） しておきます。
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余白の透過方法その2：
その2は「白を透明にして貼り付け」を使用する方法です。
この方法は対象のレイヤが着色済みであっても、その色を変えることなく余白を透過することが可能ですが
代わりに白（RGB 255.255.255（#FFFFFF）） で着色された部分は問答無用で透明になってしまいますから
白を多用されている場合は透過する前にアリスブルーなどの似たような別の色に変更しておく、
あるいは余白を透過後に必要な個所だけ改めて着色しなおすといったケアが必要になります。
（RGB 255.255.255の白以外は透明にならずに残ります）
1.まず透過方法その1と同様、余白を透過したいレイヤをカレントレイヤにしておきます。
2.次に「矩形選択（矩形選択）」でキャンバス全体を覆うように範囲指定してから
「編集」→「コピー」でこのレイヤをコピーします。
3.コピーが完了したら「編集」→「特殊なコピー」→「白を透明にして貼り付け」を選択します。
4.これで（2）でコピーしたレイヤのすぐ上位に同名のレイヤがコピーされますから、
あとはコピー元のレイヤと「用紙」レイヤをどちらも非表示にすることで
余白が透明になっていることが確認できるかと思います。
（設定を変えていないのであれば透明部分はピンクの格子模様として表示されます）
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余白の透過方法その3：
その3は「マジックワンド」を使用する方法です。
この方法も透過方法その2と同様に同じ色の箇所は問答無用で透明にしてしまいますから、
透過後にこの透過したレイヤのすぐ下に新規レイヤを作成して
白などの任意の色で塗りつぶすといった方法で穴をふさぐ、
あるいは透過前に残したい部分だけ別の色に変えておくなどのケアが必要になります。
1.まず余白を透過したいレイヤを選択しておきます（透過方法その1、2と同じですね）
2.次にツールパレットから「マジックワンド（同じ色を選択）」を選択し、
余白など透過したい箇所 （地点） をクリックします。
3.選択した地点と同じ色の箇所が範囲指定されますから 、この状態で透明色を選択してから
選択範囲ランチャの「塗りつぶし」、あるいは塗りつぶしツールで塗りつぶしを行います。
以上で余白の大半は透過できるはずですが、もし選択漏れが多数出た場合は
アンドゥでやり直して「マジックワンド（同じ色を選択）」の「色の許容誤差」の数値を適当に上げてから
再度範囲指定→透明色で塗りつぶしを行ってみてください。
（ただし、あまり数値を上げすぎると余計な部分まで範囲指定してしまいますから、数値の上げすぎにはご注意を）
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それとどの方法で透過した場合も消え残りが生じた場合は
「ゴミ取り（透明地のゴミ取り）」や「フィルタ」→「効果」の「ゴミ取り」などでこれを処理してください。
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
こちらの操作は、選択したレイヤーを同じ描画位置に複製をします。
なお、背景を塗りつぶししている場合で、背景レイヤーを複製し線画レイヤーより
上に位置している場合は、複製したレイヤーを下の方に移動していただくと
絵が表示できる可能性があります。
また、レイヤーパレット上で、複製したレイヤーの瞳マークを無効にして変化が
あるかもご確認ください。
上記にて改善されない場合は、塗りつぶしをされているなど、複製したレイヤーの
描画内容により原因は異なります。詳細をお調べするには、該当の作品データを
こちらにお送りいただけますでしょうか。
お送りいただける場合は、お手数ですが、以下のデータ便サービスでファイルを
アップロードしていただき、ファイルのダウンロード用のURLをお知らせください。
■データ便
http://www.datadeliver.net/
[ライトプラン]をご利用ください。
100MBまでのデータを無料で送信することができます。
１．[・データ便]が選ばれていることをご確認の上、[ファイルの選択]にファイルを
ドラッグ＆ドロップするとデータのアイコンが表示されます。
同じ操作で複数のファイルを追加することもできます。
有効期限、パスワード設定、ダウンロード通知はそのままでご利用ください。
２．[利用規約に同意する]チェックボックスを有効にして[アップロード]ボタンを
クリックすると、データのアップロードが開始されます。
データの量、ネットワーク回線の状態によってお時間がかかることがありますが、
アップロード中 はそのままお待ちください。
３．「ファイルアップロード完了]メッセージが表示されたら[URL取得画面へ]ボタンを
クリックします。
４．「ダウンロードURL」欄にお客様がアップロードしたデータ専用のダウンロードURL
が表示されますので、[COPY]ボタンをクリックして、以下の宛先までメールにて
送信してください。
[短縮URLの発行]から[作成]ボタンをクリックすると、短縮されてメールなどに貼り
付けやすいアドレスに変換することもできます。
宛先
・セルシスユーザーサポート
・tech@celsys.co.jp
・メール件名に「問い合わせ：34064」と記載をお願いします。
※お送りいただいたデータは不出管理させていただき、データ検証など完了次第、
速やかにローカル及びサーバー上からも削除いたします。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。