四ッ谷りんさまこんばんは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
消しゴムを使用した際にピンクの線が出てしまうとのことですが、
イラスタでは （設定を変えていない限り） 透明部分がピンクの格子模様で表示されます。
（つまり今回のご質問に関して言えば消しゴムは正常に動作し、正しく使用できていることになります）
このピンクの格子模様は透明部分を表すためのイラスタ上の表示でしかありませんから、
印刷したりpng形式などで保存したものを別のソフトで開いた際などは表示されることがありませんのでご安心ください。
次にこのピンクの格子模様（＝透明部分）を表示しないようにする方法についてですが、
1.レイヤパレットから「用紙」レイヤを表示状態にする （目玉マークが表示された状態にする）
2.消しゴムが使用されたレイヤのすぐ下に新規レイヤ
（ラスタ、ベクタどちらでも可。ただし補充範囲が広い場合はラスタレイヤを作成して塗りつぶしを使用） を
1枚作成し、白などの適当な色で描画を行い穴をふさぐ
3.「ファイル」→「環境設定」で開くことのできる「環境設定」ダイアログ内、「キャンバス」→「操作」の
「表示」から「透明部分を市松模様で表示する」チェックを外し、「透明部分の表示色」をピンクから白に変える
などの方法があります。
（ただし、（3）の方法は白で塗られたところと透明部分との区別がつかなくなるためお勧めできません。
なにより消しゴムが使用されたレイヤより下位に別レイヤが存在する場合の
対処方法としては何の役にも立ちません。
（同様に「用紙」レイヤもすべてのレイヤより下 （最下位） に存在するものですから、
消しゴム使用レイヤの下に別レイヤが存在する場合は（2）の方法で対応するしかありません））
それと、余白などを透過された作品をpng形式で保存される際は
「用紙」レイヤを非表示にしてからアルファ付きpng（RGBAカラー）で保存するのをお忘れなく。
（そのまま （RGBカラーのまま） 保存すると余白などの透明部分が白塗りになってしまいます）
アルファ付きpngでの保存方法につきましては
「よくある質問」の「透過付きPNGで保存したいのですが？」で詳しく解説されていますから
参考になさってください）
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、少しでも参考になりましたら幸いです。
乱文失礼いたしました。