ナナムギさまこんばんは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
下塗りレイヤのはみ出し部分を消しゴムで修正した際に
ペン入れした線まで消えてしまうとのことですが、
消しゴムツールのサブツール詳細で「すべてのレイヤを対象にする」にチェックが入っていませんか？
「すべてのレイヤを対象にする」はその名の通り、どのレイヤで消しゴムを使用したかに関係なく
すべてのレイヤを対象にして絵などをまとめて消すためのものですから、
今回のご質問のように「下塗りを消したはずが線画まで一緒に消えてしまった」といったことが起こりえます。
ですので、一度サブツール詳細を確認なさってみて、
もし「すべてのレイヤを対象にする」にチェックが入っていた場合は
これを解除する （チェックを外す） ことで特定のレイヤに書かれた内容のみを
消すことができるようになるかと思います。
ちなみに「すべてのレイヤを対象にする」は以下の箇所で設定が可能です。
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。