お客様にはご不便をおかけいたします。
線画に対し、塗りつぶしを線の内側ぎりぎり、あるいは外側ぎりぎりの
領域に行っている場合、ご申告の通り、解像度を変更した際に
線と塗りの間に隙間が生じたり、線の外に塗りが漏れる場合がございます。
こちらはレイヤー毎に解像度変更の処理を行っているためで、
レイヤーが分かれている場合、どうしても数ピクセル程度の誤差が
出てしまいます。
そのため、現状の解決策ではなく予防策となってしまいますが、
線画内部の塗りつぶしを行う際は、なるべく塗りが線の中心に
達するようにされると、解像度変更を行った場合も影響が
出にくくなります。
線画にベクターレイヤーを使用されている場合は、塗りつぶしツールの
ツールオプションで[ベクター中心線まで含める]にチェックを入れると、
常に線の中心まで塗りつぶしがされます。
現在すでに作品を作られた後かと思われますので、隙間を生じさせずに
解像度を下げられたい場合、あらかじめ塗り部分の範囲を調整するか、
[表示レイヤーを結合]あるいは[表示レイヤーのコピーを結合]などで
レイヤー統合してから解像度の変更を行っていただければと思います。
ご希望に添う形ではなく恐縮ですが、よろしくお願いいたします。