レイヤーを統合した透過形式でPSD書き出しする場合、お手数ですが
IllustStudio側でレイヤーを1枚に統合していただき、レイヤー保持状態で
PSD書き出しして頂くことになります。
念のためxpgデータのバックアップを取ってから、下記の手順でPSD形式で
書き出していただければと思います。
１．[用紙]レイヤーを非表示にし、透明部分を表示した状態にします。
※透明部分はピンクの格子模様で表示されます。
２．[レイヤー]メニューから、[レイヤーをすべて統合]を選択します。
３．[ファイル]メニュー→[指定の形式で保存]→[psd(Photoshop)]を選択します。
４．[別名で保存]ダイアログが出るので、[設定を変更]をクリックします。
５．[Photoshop設定]ダイアログで、[レイヤー構造を維持して出力する]を選択し、
[用紙レイヤーを出力する]のチェックを外して[OK]をクリックします。
※[レイヤーを統合して出力する]にすると、透過されずに出力されますのでご注意ください。
６．[別名で保存]ダイアログに戻るので、[OK]をクリックして書き出します。
きちんと透過がされているかどうか心配な場合は、Photoshopをお持ちでなくても、
保存したPSDデータをIllustStudioに再度読み込むことで、透過部分の確認ができます。
また、一つのPSDファイル内にレイヤー統合をした2種類のイラストを
一緒にいれる方法ですが、こちらもIllustStudio側で、統合したイラストの
レイヤー2枚を同じキャンバス内に入れて、上記同様レイヤー保持をした
状態で書き出していただければと思います。
上記をお試しの上、ご不明な点がありましたら再度ご連絡いただけると幸いです。