癒々さまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
スキャンした下書きの上に直接清書したあと
その下書きを消されたいとのことですが、
下書きが鉛筆などで描かれたものでしたら
もしかしたら二値化→白を透明にして貼り付けで
下書きだけを消すことが可能かも知れません。
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1.イラスタを立ち上げ下書きを消したいファイルを開き、
レイヤパレットから下書き＆清書したレイヤを選択します。
（もし複数のレイヤに分かれている場合はあらかじめ結合しておいてください）
2.「フィルタ」→「二値化」を選択、種類を「閾値を基準」にしてから
閾地を適当な値に設定して「OK」します。
（プレビューチェックボックスにチェックを入れることで
二値化後の状態を確認できますので、下書きの線が消える
（「用紙レイヤ」非表示状態なら白くなる）値に設定してください）
3.二値化が完了したら「レイヤ」→「レイヤの変換」を選択、
表示されるダイアログ中央の「表現色」を「グレー（8bit）」に変更して「OK」します。
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もし上記の方法を行っても下書きが消えなかった場合は
担当さまがお教えくださったとおり消しゴムツールを使用して
不要な箇所を消してください。
それと二値化した結果アンチエイリアスが消えてしまいますから、
必要なら「フィルタ」→「ぼかし」の「ガウスぼかし」や「スムージング」などで
アンチエイリアスを復活させてあげてください。
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
を行われたということでしょうか。
上記の場合ですと、下書きの線画を消すには消しゴムツール
で該当箇所を消して頂く必要がございます。
スキャンした下書きと清書したレイヤーが分かれている場合は
[レイヤー]パレットで下書きレイヤー部分の瞳の部分をクリック
し非表示にして頂くか、削除をご希望の場合は、下書きレイヤー
の上で右クリックして頂き、[レイヤーの削除]をクリックして下さい。
よろしくお願いいたします。