夜トさまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
部分ごとに分けた線画を参照しての着色についてですが、
担当さまが教えてくださった方法以外にも
線画レイヤをフォルダに纏めてこれを参照元として
「塗りつぶし（主線を参照）」で塗りつぶすという方法もありますので
よろしければご参考までに。
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1.まずイラスタを立ち上げ、塗りつぶしを行うファイルを開きます。
2.次に「レイヤ」→「新規レイヤフォルダ」を選択してフォルダを作成します。
3.このフォルダに部分ごとに分割されたすべての線画レイヤを移動します。
（このフォルダに収納した線画レイヤが参照元となりますので
塗りつぶしを行う際に参照させたい線画レイヤは忘れずにすべて収納してください）
4.線画レイヤの収納が終わったら、このフォルダが選択された状態で
「レイヤ」→「参照レイヤに設定」で参照レイヤに設定します。
5.あとはこの線画フォルダをレイヤパレットから最上位に移動させたあと
必要なレイヤに「塗りつぶし（主線を参照）」を使用して塗りつぶしを行うだけです。
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以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
別の線画レイヤーを参照しませんので、全体が塗りつぶされてしまいます。
線画レイヤーを参照して塗りつぶしを行う場合は、[ウィンドウ]メニューの[ツールセット]の
チェックを有効にすると、あらかじめご用意しているツールセットを表示することができます。
こちらで、[レイヤー複数参照]を選択することで、別の線画レイヤーを参照して塗りつぶしを
行うことができます。
なお、ツールセットで、[編集レイヤーのみを参照]を選択している状態でもオプション設定で、
複数参照を有効にすることで、別の線画レイヤーを参照して塗りつぶしを行うこともできます。
塗りつぶしツールを選択後に、[ウィンドウ]メニューの[ツールオプションの分離]のチェックを
有効にし、「ツールオプション」パレットで、[複数参照]のチェックを有効すると、同様の動作に
なります。
また、ツールオプションでは、以下の通りに複数参照先を指定することもできます。
上記にてご案内している内容は、使い方講座にて解説もしておりますので、よろしければ、
こちらのサイトもご確認ください。