塗りつぶしツールのツールセットで、[編集レイヤーのみ参照]を選択されていると
別の線画レイヤーを参照しませんので、全体が塗りつぶされてしまいます。
線画レイヤーを参照して塗りつぶしを行う場合は、[ウィンドウ]メニューの[ツールセット]の
チェックを有効にすると、あらかじめご用意しているツールセットを表示することができます。
こちらで、[レイヤー複数参照]を選択することで、別の線画レイヤーを参照して塗りつぶしを
行うことができます。
なお、ツールセットで、[編集レイヤーのみを参照]を選択している状態でもオプション設定で、
複数参照を有効にすることで、別の線画レイヤーを参照して塗りつぶしを行うこともできます。
塗りつぶしツールを選択後に、[ウィンドウ]メニューの[ツールオプションの分離]のチェックを
有効にし、「ツールオプション」パレットで、[複数参照]のチェックを有効すると、同様の動作に
なります。
また、ツールオプションでは、以下の通りに複数参照先を指定することもできます。
上記にてご案内している内容は、使い方講座にて解説もしておりますので、よろしければ、
こちらのサイトもご確認ください。