[塗りつぶし]ツールを選択し、[ツールオプション]にある
[領域を拡張]の数値をご確認頂けますようお願いいたします。
この数値が大きいため、線画よりはみ出してしまっている可能性があります。
以下の設定を行い、再度お試し下さい。
下記ページで塗りつぶしツールについて図解入りで
ご案内しておりますのでご参照下さい。
■IllustStudio使い方講座 塗りつぶし(ベタ塗り・下塗り)をマスターする
また現在、IllustStudioの最新版バージョンは1.2.7になります。
下記ページより最新版をダウンロードし、適用して頂けますようお願いいたします。
■IllustStudio アップデータ ダウンロードページ