描画部分にのみ、グラデーションをかけたいという
事でよろしいでしょうか。
その場合は、まず画像があるレイヤーを選択し、
[透明ピクセルをロック]をオンにしてください。
この状態だと、描画されている部分にのみ彩色が
可能ですので、グラデーションツールの
[描画色→背景色(線)]などを使用して、お好みの色の
グラデーションをかけられます。
直線のグラデーションでない方が良い場合は、
同様に透明ピクセルをロック状態でエアブラシツールなどで
色を乗せていく方法などもあります。
お手数ですが、上記をお試しいただき、ご要望の
操作になるかどうかご確認ください。