塗りつぶした後に、別の色に変えたいということでよろしいでしょうか。
その場合は、塗りつぶしを行ったレイヤーを選択して、変更したい色を
カラーパレットで選択し、[編集]メニュー→[特殊な描画]→
[線の色を描画色に変更]をクリックして下さい。
塗りつぶし時にペンの線が消える場合、ペンと同じレイヤーで
塗りつぶしているか、ペンよりも上に塗りつぶしレイヤーを
作成している状態と思われます。
下図のように、彩色レイヤーを線画のレイヤーよりも下に
配置して塗りつぶせば、ペンの描画に影響は与えません。
また、動画でご覧いただいたメイキングですが、イラストの彩色は、
作業する方によって多種多様なため、塗り分け時に使う色についても
それぞれ意図があるかと存じます。
例えば、各パーツの下地をあえて奇抜な色で塗っておき、
その後その下地を参照して改めてきちんとした色で塗ることで、
塗り漏れ防止をするという方もいます。
また、とりあえず下地として何かしら塗っておき、
後は色のバランスなど考慮しつつ後から塗り重ねていって、
最終的に全く異なった色になる、といったケースも
あるかと思われます。
先に述べたとおり、作業者によって彩色のフローは
様々ですので、お客様がご覧になった動画では上記の例と
異なる意図で色を変えているの可能性もあります。