まず、線画レイヤーの白領域が透明になっているかどうかご確認ください。
[表示]メニュー→[用紙の表示]を選択し、白部分がピンクの格子で
表示されれば、線以外の部分は透過されている状態ですが、
もし白いままになっている場合、線以外の部分が白塗りに
なっている状態です。
この状態だと、線画の下にレイヤーを作って色を塗っても、
白の塗りつぶし部分に邪魔をされて見えない状態です。
※試しに線画レイヤーを非表示にした際に、塗りが見えるかお試しください。
線画を黒で描いている場合は、レイヤーの変換でグレーレイヤーに
することで白部分を削除できますが、複数の色を使って線を描いている場合は、
お手数ですが、白部分を透明色で塗りつぶすなどして透過状態に
する必要があります。
なお、塗りつぶした記憶がないのに線以外の部分が白になっている場合、
レイヤーの結合などで用紙も含めて1枚に結合された、などの原因が
考えられます。
お手数ですが、上記をご確認いただけますようお願いいたします。