横から失礼します。
＞その線画に新しいレイヤーを作って塗りつぶしをしようとしたのですが、
＞線画で囲ってある範囲にやっても、そこだけを塗りつぶすことができず、
＞全て塗りつぶされてしまいます。
とのことですが、「レイヤ」→「参照レイヤに設定」で
線画レイヤを参照レイヤにしたあとこの線画レイヤの下に
塗りつぶし用のレイヤ（ラスタレイヤ）を作成して
この新規レイヤに対して「塗りつぶし（主線を参照）」ツールなどで塗りつぶしを
行ってみてはいかがでしょう？
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1.まずイラスタを立ち上げ、色を塗りたいファイルを開きます。
（すでに余白は透過済みかと思いますが、まだ透過されていない
（「用紙」レイヤを非表示にしても余白がピンクのチェック模様にならない）場合は
「レイヤ」→「レイヤの変換」で「表現色」を「グレー（8bit）」に変更するなどの方法で
あらかじめ余白を透過しておいてください）
2.レイヤパレットから線画レイヤが選択されていることを確認したあと
「レイヤ」→「参照レイヤに設定」をクリックして線画レイヤを参照レイヤに指定します。
3.「参照レイヤに設定」が出来たら次に「レイヤ」→「新規ラスタレイヤ」で
塗りつぶし用のレイヤを作成してレイヤパレットから線画レイヤより下に移動します。
4.あとはこの塗りつぶしレイヤに対して「塗りつぶし（主線を参照）」ツールや
「閉領域フィル（主線を参照）」などで塗りつぶしを行えば完了です。
（線画レイヤにではなく（3）で作成した新規レイヤに対して
塗りつぶしを行いますので間違えないようご注意を）
また、こうして下塗りしたあとは上から影やハイライトを入れることを考えて
「レイヤ」→「クリッピングフォルダ化」でクリッピング元にしておくと便利です。
↓
以下のように塗りつぶしを行った範囲にだけ着色できますので、
周囲にはみ出すことがなく便利です。
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以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
ピンク色の市松模様は表示されますでしょうか。
表示される場合は、線画レイヤーの下に塗りつぶし用に
作成したレイヤーを配置し、塗りつぶしツールのツール
オプションの設定をご確認ください。
・[複数参照]にチェックを入れ、[すべてのレイヤーを参照]を選択する。
・[色の許容誤差]の数値を低くする。
・隣接ピクセルをたどるにチェックを付ける。