すでに統合されてしまっているので、完全に元の状態にするのは
難しいですが、線の色に比べて比較的薄めの色で彩色している場合は、
下記の手順である程度までは塗り部分を白に出来るかもしれません。
※バックアップのため、xpgファイルの複製をしておいてから
お試しください。
1.統合画像のレイヤーを選択し、[レイヤー]メニュー→[レイヤーの変換]で
表現色を[グレー(8bit)]に変更します。
2.[フィルタ]メニュー→[2値化]を選択します。
3.[プレビュー]にチェックを入れ、閾値の数値を動かして
彩色部分が白く飛ぶポイントを見つけたら[OK]します。
4.[ウィンドウ]メニュー→[ぼかし]→[スムージング]を選択して、
線にアンチエイリアスをかけます。
5.必要に応じてレイヤーの表現色をカラーに戻します。
色の濃い彩色部分に関しては、上記手順で黒色に変換されて
しまうので、その場合は[フィルタ]メニュー→[レベル補正]で、
ある程度色を薄めにするか、その部分だけでもあらかじめ
透明色で塗ってからお試しください。