ご覧いただいたのはこちらのページでよろしいでしょうか。
IllustStudioのバージョンが新しい場合、下記の方法でご希望の
操作が出来るかと存じますので、お試しください。
１．線画のレイヤーの上にもう一枚ラスターレイヤーを作成します。
２．[レイヤー]メニュー→[下のレイヤーでクリッピング]を選択します。
３．トレスしたい色(肌色など)を選択し、線の上をなぞるように塗っていくと、
線の部分のみ色を変えられます。
肌の色・髪の色など、パーツごとに色も異なるので、色トレスが
前提の場合、線画の段階でレイヤーを分けておくとより効率的です。
また、線画レイヤーを選択し、[透明部分をロック]すれば、
同じように線の上をなぞって直接色を変えていくことも可能です。
元の黒い線は不要という事であれば、この方法だとレイヤー数を
より少なくできます。
ご確認のほどよろしくお願いいたします。