「素材集の名前-素材の名前」のデータは素材集収録用に複製されるデータなので、
大元のデータを消した場合でも、これさえ消していなければ素材集に他の素材を
追加して更新しても問題ありません。
逆に、「素材集の名前-素材の名前」のデータを消してしまうと、
[作成した素材集]から素材集の更新を行った際に、該当データが
アップロードされている素材集から削除されてしまうので
ご注意ください。
[素材一覧]でデータの削除を行っただけでは、アップロード済の
素材集側には影響は与えませんが、[公開/編集]から更新をかけた場合は、
情報が同期されます。
素材集に影響するデータの削除を行った場合は、真っ先に[作成した素材集]の中の
データが更新されるので、まず必ずこちらをご確認いただければ確実かと思われます。
なお、ご質問「3」につきましては、他のユーザー様のご意見の方が
よろしいかと思いますので、引き続き他の方の投稿をお待ちしております。