横から失礼します。
クリスタは担当さまが仰るとおりVer.1.2.0以降はClipStudioを起動して
そちらからクリスタを起動する動作がデフォになり
デスクトップにショートカットアイコンが作られなくなってしまいました。
ただ、以下のようにProgram Filesから実行ファイルをコピーして
自分でショートカットを作ることは可能ですので
この方法でショートカットを作られてみてはいかがでしょう？
（わたしもこの方法でショートカットを作成して起動していますが
動作がおかしくなるなどといったことは一切ありません）
あ、それと、実行ファイルをコピーしてデスクトップなどで貼り付けを行うだけですが
ProgramFilesフォルダの中身を触ることに変わりありませんので以下の操作はすべて自己責任でお願いします。
（間違えて何かファイルを削除したために不具合が発生したりしてもわたしには責任が取れませんので）
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1.スタート→コンピュータ→ローカルディスク（C:)→Program Files→
CELSYS→CLIP STUDIO→CLIP STUDIO PAINTの順にフォルダを開きます。
2.CLIP STUDIO PAINTフォルダの中にクリスタの実行ファイル（CLIPStudioPaint.exe）が存在しますので
この実行ファイルアイコンを左クリックで選択したあと右クリック→「コピー」を選択します。
（ここで左クリックする際にダブルクリックしないようにご注意を（笑）
（ダブルクリックするとクリスタが立ち上がります））
3.あとはデスクトップなどショートカットを作りたい場所を開き
（デスクトップの場合は今まで開いていたフォルダを非表示にして）
右クリック→「ショートカットの貼り付け」を選択すれば完了です。
↓
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以上、取り留めの無いことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
からCLIP STUDIO PAINTを起動して頂くことを想定・推奨しております。
こちらにつきましては設定の変更等で起動手順が変更される
わけではございません。