ブラシ先端形状は、ご指摘の通り素材パレットから削除を行うと、
該当のサブツールでの描画が出来なくなります。
※先端形状が黒い丸に置き換えられます。
従来も、ブラシをサブツールパレットに登録すると同時に、
先端形状の画像が素材パレットに登録されていましたが、場合により、
先端形状がどのフォルダにも所属しないという問題が起きていました。
そのため一見してパレット内はすっきりしていたかと存じますが、
この状態でも、素材パレットの[すべての素材]を選択すると、
先端形状はすべて表示されます。
1.3.4以降は、サブツールを登録すると、先端形状は[画像素材]→
[ブラシ]フォルダに登録されるよう、修正を行っております。
また、旧バージョンでサブツール登録し、どのフォルダにも属していなかった
先端形状については、[素材フォルダの再構築]を行うことで、所属先の
フォルダが作られるようになっております。
そのため、先端形状は削除はせずに、一つのフォルダにまとめておくなど
していただければと思います。
なお、ダウンロードしたブラシ自体は、サブツールパレットに登録後は削除をしても
問題はございません。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。