素材集は素材をさがすにアップするとき該当素材を選んだものなので素材パレットに素材集に入れた素材と元になる素材が存在することになります。
素材パレットに新規フォルダを作成してそこに素材を入れる方法しか無いです。
Windowsならドキュメント、Macなら書類フォルダ（インストールしたローカルじゃない方）に有るCELSYSフォルダをコピーして外付けHDDのような媒体に保存する。なお、このCELSYSフォルダ、名前を変更したり移動したりすると今までの素材が参照できなくなります。
ブラシ（ツール）、アクション、カラーセットは書き出して別の場所に保存しておくことが可能ですが、画像や３Dなどは上記の場所に入っています。※画像や３Dが画像データや３Dデータとして入ってるわけではない。
私の場合は不要になった素材は素材パレットから削除しています。
ダウンロードした素材はマイダウンロードから何度でも入手可能なので。
ちなみに、illustStudioやComicStudioを持っていてコンバートを何度も繰り返すとその分素材が重複します。