ご回答ありがとうございます。
説明不足で申し訳ありません。
書き出しはせず、そのままコミスタの原稿上で表示12.5％で確認した場合によるものです。
一部ですが、濃度や鮮度も異なります。
トーンの重ね張りをしている場面やそうでない所とあり、そのどちらも一部のコマのみ荒れて削れて見えます。
（参考までに。荒れて見えるのは、影に使用しているトーンで全体にべたりと貼ってクリアにしています。ペンでなぞりトーンを表示させ細かい部分をパターンブラシで削ってます。←荒れて見えるのは主にその部分です。）
確認させて頂きたいのですが…表示倍率を100％というのは、ここでは拡大率のことで宜しいでしょうか？
PNG形式に書き出しをしピクセル等倍100％にしましたが、荒れていて正しく表示されてるか否かの判断がつきません。
そういう仕様でしょうか…？
この時も表示を画面上に収まるサイズに戻すと、荒れが直っております。
しかし、再度立ち上げて表示すると再び荒れるといった繰り返しです。
初心者でご迷惑をおかけしますが、何分宜しくお願い致します。
しまうのでしょうか。
例．元の大きさより50％縮小して、JPEG形式で書き出した画像ファイルを
Photoshop Elements 10.0で開いて表示倍率200.0％で確認している。
また、濃度や線数が異なりますでしょうか。
レイヤー順を変更されているとのことですが、トーンの重ね貼りを行われて
いるのでしょうか。
ComicStudio上で用紙の表示倍率を100%にしたとき、正しく表示されるか
ご確認ください。
また、PSD、PNG形式にファイルを書き出してピクセル等倍（100%）で表示した
とき、トーンが正しく表示されていれば通常は印刷結果も同じになります。
お手数をお掛け致しますが、よろしくお願い致します。