仕上がりサイズをB5にしたい場合は、基本的には
A4サイズの原稿で作品を制作します。
なお、印刷所などで配布しているPSDの表紙テンプレートは、
ComicStudioに読み込むとトンボの位置などがずれる場合があるため、
ComicStudioで表紙を作成される場合は、アプリに収録されている用紙を
お使いいただければと思います。
同人誌の表紙の作成方法に関しては、下記の講座で詳しく紹介しておりますので、
よろしければご参考にしてください。
http://www.clip-studio.com/clip_site/howto/library/page/view/comicstudio_doujinshi_cs_002
また、表紙以外でも、同人誌全般について下記の講座で作成のフローを
掲載しておりますので、こちらもご活用下さい。
http://www.clip-studio.com/clip_site/howto/library/series/view/comicstudio_master
http://www.clip-studio.com/clip_site/howto/library/series/view/comicstudio_doujinshi