ノド部分のトンボを合わせた状態で、見開きを分けて汎用形式などに
書き出されたということでよろしいでしょうか。
通常、見開き原稿を作成する場合は、製本後に備えて中央部分の画像は
重複した状態にします。
製本時に裁断を行う際、切り落とす位置には誤差が発生する可能性があり、
もし中央部分を重複させていなかった場合、誤差分で絵が切れてしまう
こともあるためです。
基本的に、切り落とされる上に綴じられて見えづらくなる部分なので、
わずかに重複が残った状態で製本されても、あまり目立ちません。
ComicStudioの[トンボを合わせる]機能は、作業しやすいように断ち切り線を
合わせて表示している状態なので、汎用形式で書き出した場合、両ページの
重なった部分がそれぞれ出力されるようになっております。
また、「ノド部分までつまった状態で出力」は、トンボを合わせずに
見開きを作った状態でしょうか。
その場合、原稿の端の方は、通常製本時に切り落とされる
エリアとなりますため、[印刷設定]で出力範囲を[トンボの内側]などに
していると、印刷がされません。
見開きについては、こちらでも紹介していますので、よろしければ
併せてご覧いただければと思います。