2ビットのレイヤーで陰影を塗られたとのことですが、拡大表示した際に、
下記の様な状態になっていますでしょうか。
上図のように、1ピクセルのドットの集まりで描画されてしまっている場合、
印刷機にもよりますが、印刷時に潰れて、黒くなってしまうリスクが高いので、
お手数ですが描き直しをされることをおすすめいたします。
あるいは、[フィルタ]メニュー→[線補正]→[ゴミ取り]のフィルタをかけていただくことで、
ある程度は影部分を除去することが可能です。
しかし、線とくっついてしまった部分についてはそのまま残ってしまい、
線がややぼこぼこした感じになってしまいますので、この部分については
手で修正を入れる必要があります。
なお、安全に印刷が出来る描画として望ましいのは、下図の様に
拡大時に網点のトーン表示になっている状態です。
ご記載いただいたとおり、グレー(8bit)のレイヤーで描いていただくと、
グレー部分の表示方法を変更することが可能ですので、陰影を描かれる際は
グレーのレイヤーをご使用いただけると幸いです。