横から失礼します。
自分は、コマの作成はコマフォルダを使っています。
自分は、コマの作成はコマフォルダを使っています。
二つのコマを作成すると当然、上のコマの内部から
下のコマが透けて見えます。
描画するキャラやメカや効果や背景はすべてオブジェクト（対象）
ととらえ、例えばキャラの場合、レイヤフォルダを一つ割り当て、
内部に必要なレイヤを配置させます。
キャラ・レイヤフォルダ外のレイヤは絶対に使用しません。
こうするとキャラをコピーする時に楽ですよ。
キャラをコピーして内部のレイヤを残したまま
内部を消去すると、キャラ用のレイヤーテンプレートができ、
他のコマに使用できます。
自分は、元々ソフト家なので、ソフトウェアの作り方の「オブジェクト指向」
の精神を貫いています。
下のコマが透けて見えます。
描画するキャラやメカや効果や背景はすべてオブジェクト（対象）
ととらえ、例えばキャラの場合、レイヤフォルダを一つ割り当て、
内部に必要なレイヤを配置させます。
キャラ・レイヤフォルダ外のレイヤは絶対に使用しません。
こうするとキャラをコピーする時に楽ですよ。
キャラをコピーして内部のレイヤを残したまま
内部を消去すると、キャラ用のレイヤーテンプレートができ、
他のコマに使用できます。
自分は、元々ソフト家なので、ソフトウェアの作り方の「オブジェクト指向」
の精神を貫いています。
その場合、キャラ・レイヤフォルダの最下段に
「白ベタ：最深マスク」（ラスターレイヤ）を作っておき、
キャラ・レイヤフォルダをシュリンク選択して
「□白ベタ：最深マスク」を白塗りしておきます。
こうすると二つのキャラが登場する場合、キャラの上下配置を自由にできます。
「白ベタ：最深マスク」（ラスターレイヤ）を作っておき、
キャラ・レイヤフォルダをシュリンク選択して
「□白ベタ：最深マスク」を白塗りしておきます。
こうすると二つのキャラが登場する場合、キャラの上下配置を自由にできます。
同じ要領でコマの最下段に位置する背景・レイヤフォルダの
最下段に「白ベタ：最深マスク」を作ります。
これを白塗りすると、二つのコマの上下を自由に配置しても
上の描写が下に透けません。
最下段に「白ベタ：最深マスク」を作ります。
これを白塗りすると、二つのコマの上下を自由に配置しても
上の描写が下に透けません。
以上、参考になれば幸いです。
重なった部分の枠線の非表示について、下記リンクページの講座にもございますように、枠線定規
レイヤーの[ラスタライズ]にて下位の枠線を消去することができますのでお試しください。
第17回：枠線定規操作いろいろ
しかしながら、描画内容については非表示にできませんので、ご指摘のとおりマスキングをしていただく
方法が最も簡単と考えられます。
なお、コマフォルダを使用したコマ枠線を作成されている場合でしたら、非表示にされたい箇所を別途
ラスターレイヤーにて白色で塗りつぶしていただき、レイヤーコマフォルダ内に入れていただく方法が
良いと思われます。
よろしくお願いいたします。