トーンレイヤーはプロパティ上の表記は[黒(1bit)]となっていますが、
実際はグレーの情報も持っており、プロパティの[トーン]タブで
[表示方法]を[グレー]にすれば、作品制作の段階でグレー状態にできます。
※素材パレット上で赤文字になっているトーンは、
グレー情報は持たない素材のため、グレーにはできません。
そのため、ComicStudio上でトーンごとに[網点][グレー]の
設定にあらかじめしておけば、書き出し時のトーン設定で
[レイヤー設定に従う]にすることで、網点トーンは網点のまま、
グレーにしたトーンはグレーの状態で書き出せます。
ただ、恐れ入りますが[簡易トーン設定]などから貼り付けた
フラットな網点トーンは、上記の書き出し方法だと
網点にアンチエイリアスがかかってしまうため、やはり
グレーのラスターレイヤーに変換することをおすすめします。
トーンレイヤーはラスターレイヤー(黒1bit)とは性質が異なり、
データにグレー情報が含まれているため、変換しても問題ございません。
お手数ですが、上記をご確認いただけますようよろしくお願いいたします。