印刷用の原稿は、基本的に等倍で書き出すことを想定しており、
表現色[グレースケール]で縮小書き出しをすると、必ずアンチエイリアスが
かかるようになっています。
恐れ入りますが、ご要望の状態で縮小をするには、まず2値部分の画像のみ
モノクロ2階調で縮小書き出ししていただき、ComicStudioに読み込み直して
グレー部分を再度処理し、等倍で書き出すなどの方法になるかと思います。
なお、トーンレイヤーを2bitのレイヤーにラスタライズしている場合、
縮小書き出しするとモアレるリスクがございますのでご留意ください。
トーンレイヤーは極力ラスタライズしないか、グレー(減色手法:トーン化)の
ラスターレイヤーにしていただくのがよろしいかと存じます。