ご記載いただいた講座は、こちらでよろしいでしょうか。
この講座では、レイヤーを6枚作って、それぞれのレイヤー上に画像を作成しています。
「新規を出すとパレットが消える」とご記載いただきましたが、
こちらは新規ページを作成いただいていますでしょうか。
レイヤーを分けてブラシを作るには、新規ページを作成する
必要はなく、レイヤーパレット上でレイヤーが分かれていれば、
個別に画像を登録できます。
講座では、「1」レイヤーを選択して①の画像を描き、「2」レイヤーを
選択して②の画像を…といった流れで作成をしています。
お手数ですが、上記を確認の上、同じページでレイヤー分けした
画像作成をお試しください。