線の交差具合によっては、ベクターの性質上、ご申告のように
交差部分が少々飛び出た状態になるケースがあります。
例えば髪の毛の毛先の交差部分を消すなどといった場合は、
消去する線の順番を変えることできれいに消える場合もあります。
あるいは、可能であれば線つまみで少し線の位置を移動して
線の状態を変える方法もあります。
ただ、どうしても回避できない場合もありますので、その際は
不要な部分を消去する形になります。
ベクター線は、ドット単位での消去が出来ないので、後から消したい場合は
マスキングレイヤーをベクターレイヤーの上に作成して、不要な部分を
塗って見えなくする方法があります。
マスキングレイヤーの使い方については、こちらをご覧ください。