書き出し時のダイアログで[設定]をクリックした際、
JPEGの品質が何%になっているかご確認ください。
低い数値の場合は100%にして出力してください。
※なお、JPEG自体はあまり印刷向きの形式ではないので、
可能であれば別の形式でも書き出してお試しください。
加えて、書き出したデータは、どのソフトで開いて
印刷していますでしょうか。
Windows付属のビューアーなどだと、簡易的なプレビューを
印刷するため画質が落ちてモアレる場合があります。
一度ComicStudioに読み込み直して印刷するなど、
グラフィックソフトから出力いただくのが確実と
思われます。