鉛筆の線を濃くするには、ご記載いただいている通り
レイヤーを複製して結合する方法がございますが、
結合時に元に戻ってしまう場合、黒1bitか、黒白2bitの
レイヤーに鉛筆線を読み込んでいる可能性がございます。
※恐らく、表示倍率100%にして確認すると、レイヤー結合前でも
濃度に変化がない状態と思われます。
そのため、線画を読み込む際にグレーレイヤーとして
読み込んでみてください。
スキャナーでの線画取り込み時に、[プロパティ]が
表示されますので、その際に[画像調整]タブを選択し、
表現色を[グレー(8bit)]、減色手法を[減色しない]にして
読み込んでください。
その後、レイヤーを複製して線を濃くし、レイヤーの結合を
お試しください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。