いずれもレイヤーの並び順を工夫することで可能です。
ComicStudioでコマを作成している場合、そのコマ枠の
レイヤーよりも下に、スキャンした画像レイヤーを
配置して、[編集]メニュー→[移動と変形]→[拡大・縮小]を
選択してサイズや位置を調整できます。
コマ枠をComicStudio上で手描きで作成していた場合は、
枠外を白塗りにしたり、マスキングすることでコマよりも
下に配置した画像の枠外の描画を隠せます。
追加でペン入れや効果線を入れたい場合は、追加でレイヤーを
作成すれば可能です。
背景をComicStudioで描いておいた場合でも、下描きを取り込んだ後、
ペン入れレイヤーを背景より上に配置してペン入れすれば大丈夫です。
※この際、ペン入れしたキャラクターの内部を白塗りにすることで、
背景部分を透けさせない状態にできます。
こちらのページのレイヤー構造の画像をご覧いただくと
分かりやすいです。
上記をお試しいただけますようよろしくお願いいたします。