・バージョンは4.0、
インストール先はC:\Program Files (x86)\CELSYS\（プロパテイの「場所」では「Tool」と
なっています） です。
・印刷イメージ表示は問題なくトーンの線数は保持されております。
ちなみにコミスタの「ファイル｣→「印刷」から直接自宅のプリンタで印刷した場合も
印刷イメージどおりトーンも普通に出力されています。
・psd以外のファイル形式、トーン設定を[出力倍率に依存する]、
新規ページ作成、選択範囲ランチャーからトーン作成
試してみましたが、全て同様にトーンがおかしくなります。
この現象が起きる以前に作成した原稿ファイル（当時は問題なく書き出しできた）を
あらためて書き出してみたところ、
やはりトーンだけ例の変な状態になってしまいました・・・
コミスタ上での表示や、「書き出し」以外の作業は特に問題ありませんので、
原稿ファイル自体の破損の心配は無いと思います。
コミスタ導入当初からずっと、先程の画像の書き出し設定（等倍、モノクロ二階調、
トーン・ラスター設定はレイヤーに従う）で順調にトーンも書き出せていましたが
web用の原稿を作成するにあたり、設定を一時的に
「出力サイズ縮小、色深度グレースケール、トーン設定は倍率に依存」
に変更しておりました。
それを元に戻した（設定し直した）ところ、今回の事態になってしまいました。
なお、出力サイズ、ページ情報の設定は通常どおり反映されますし、
トーンレイヤー以外のレイヤーは問題なく出力されております。
トーンだけ変です・・・
こちらでも詳細を確認させていただければと思いますので、
以下の点についてご確認をお願いいたします。
・お使いのComicStudioEXのバージョン：
・ComicStudioのインストール先：
・[ファイル]メニュー→[印刷設定]をクリックし、
[印刷イメージ表示]にチェックを入れた場合にも
同様の現象は発生しますでしょうか。
・JPEGやPNGなどの別の形式で書き出しを行っていただき、
保存いただいたファイルを開いた場合にも同様の現象は
発生していますでしょうか。
・[画像のエクスポート]画面にて[トーン設定]をクリックし、
[線数設定]を[出力倍率に依存する]に変更いただき、
[OK]をクリックいただいた場合にも同様の現象は
発生しますでしょうか。
・[ファイル]メニュー→[新規作成]→[ページ]から新規ページを
作成いただいても同様の現象は発生しますでしょうか。
・選択範囲を作成後、選択範囲ランチャーから[新規トーン作成]を
クリックいただき、トーンを作成いただいた場合にも同様の
現象は発生しますでしょうか。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。