線画はモノクロ2階調のラスターレイヤーに描画していますでしょうか。
その場合は、後から不透明度の変更はできないため、線の周りは
ややボコボコのままになりますが、線画の中の透明のドットを黒で
埋める方法が一番確実です。
色域選択では、すでにお試しのようにすべての透明が選択されて
しまいますので、[フィルタ]メニュー→[線補正]→[ゴミ取り]を
使用して一気に穴を埋める方法をお試しください。
下図の設定にすれば、透明の穴を黒で塗りつぶしてくれます。
※必要に応じてサイズの値を調整してください。
お手数ですが、ご確認をよろしくお願いいたします。