本来テクスチャが貼られている箇所が、オレンジ色になっていますでしょうか。
その場合は、オブジェクトの面の裏表が逆になっている可能性があります。
例えばMetasequoia4の場合、objでの出力時に[面方向を反転する]の
チェックボックスがあるので、もしこれにチェックを入れていた場合、
このチェックを外した状態で出力してください。
Metasequoiaから出力したobjファイルを一旦CLIP STUDIO COORDINATEの
[アクセサリ]パレットなどに読み込んでみて、問題なく反映される
ようでしたら、六角大王→Blenderでの編集を再度お試しください。
なお、六角大王においては、[立体]メニュー→[面の表裏設定]→[面の表裏反転]で
あとから面の表裏を反転させることも可能です。
※[表示]メニュー→[表示設定]で、表示面を[表面だけ表示]にしておくと
違いが分かりやすいです。
お手数ですが、ご確認のほどよろしくお願いいたします。