夏凜さまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
jpeg形式の画像やスキャンされた線画の上から色を塗ると線に色が重なってしまうとのことですが、
これはどちらも背景 （余白） が透明でないこととjpeg形式の場合はレイヤ情報を持たないことが原因です。
普通、線画をもとに色を塗られる際はレイヤパレットでは上から順に
線画レイヤ ＞ 着色レイヤ ＞ 背景などのレイヤ ＞ 下書きレイヤといった感じの配置になるかと思いますが、
この状態で線画レイヤより下位に存在する着色レイヤに塗った色が見えるのは線画レイヤの背景 （余白） が
透明になっているからです。
ですが、jpeg形式の画像やスキャンされたばかりの画像は背景が白く塗りつぶされてしまっていますので
これらの下にレイヤを置いて色を塗ることができません。
（正確には着色することは可能ですがこの白塗りが邪魔して見えません）
また、イラスタで扱うことのできるファイル （画像） 形式のうち、イラスタ独自形式（xpg形式）と
フォトショ形式（psd形式）以外のjpeg形式やpng形式などはレイヤを保持したまま保存することができません。
ですので、このjpeg形式の画像やスキャンされた線画の背景（余白）を透過したあとで
この線画レイヤの下に着色用のレイヤを配置して線画レイヤを参照元に指定することで
通常通りの着色が可能になるかと思います。
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線画の背景透過方法その1：
その1は「白を透明にして貼り付け」を使用する方法です。
①イラスタを立ち上げ、元となる画像を開きます。
②「矩形選択（矩形選択）」でキャンバス全体を覆うように範囲指定、「編集」→「コピー」でコピーを行います。
③「ファイル」→「新規作成」を選択し、キャンバスサイズなどはそのままに「OK」を押します。
④新たなキャンバスに画面が切り替わりますから、「編集」→「特殊なコピー」の
「白を透明にして貼り付け」を選択します。
⑤レイヤパレットから「用紙」レイヤを非表示にして背景が透明になっていることを確認したあと、
もし消え残りがあればこれを「ゴミ取り（透明地のゴミ取り）」や「フィルタ」→「効果」の「ゴミ取り」などで消去します。
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線画の背景透過方法その2：
その2はレイヤの表現色を「グレー(8bit)」に変更する方法です。
①イラスタを立ち上げ、元となる画像を開きます。
②「レイヤ」→「レイヤの変換」を選択することで表示される「レイヤの変換」ダイアログの中ほどにある
「表現色」を「グレー(8bit)」に変更してから「OK」を押します。
③レイヤパレット上に新たにグレースケールのレイヤが作成されますから、これのみを残して
ファイルを開いた際にレイヤパレットに存在したレイヤと「用紙」レイヤを非表示にします。
④これで線が描かれた部分以外は透明になっているはずですが、もし消え残りがあった場合は
上記の⑤と同じく「ゴミ取り」や「マジックワンド（同じ色を選択）」などで処理してください。
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それと、こうして背景を透過した線画を保存される際はアルファ付きpng形式 （表現色をRGBAカラーにして保存） か
イラスタ独自形式、あるいはフォトショ形式をお使いください。
（ただ、png形式はレイヤ情報を保持できませんから、（作業の途中などで） レイヤを保ったまま保存されたい場合は
イラスタ独自形式かフォトショ形式のどちらかで保存することになります）
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。