沙苗さまこんばんは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
線画をもとに色塗りをされたいとのことですが、
その線画の背景 （余白） は透過されていますでしょうか？
（レイヤパレットから「用紙」レイヤを非表示にして背景がピンクの格子模様になれば
その部分が透明になっていることになります）
もし背景が透過されていない場合は着色前にこれを透明にする必要がありますので
線画レイヤが選択された状態で「レイヤ」→「レイヤの変換」を選択、
表現色を「グレー(8bit)」に変更してあらかじめ背景を透明にしておいてください。
（もしこの操作の結果、消え残りが生じた場合はゴミ取りツールや
フィルタのゴミ取り （「フィルタ」→「効果」→「ゴミ取り」） を利用してこれを処理してください）
次に実際の着色についてですが、
線画レイヤを「レイヤ」→「参照レイヤに設定」で参照レイヤに指定したあとで
１枚ラスタレイヤを新規作成、この新規レイヤを選択して
塗りつぶしツールの「主線を参照」を用いて着色することで各部分ごとに色を塗ることが可能です。
「参照レイヤに指定」は着色レイヤの枚数にかかわらず機能しますから、
たとえば髪、肌、瞳、服といったように各部分ごとにレイヤを分けての着色が可能です。
（もし塗りつぶしツールに「主線を参照」が存在しない場合も
「塗りつぶし（編集レイヤのみ参照）」などを選択したうえでツールの詳細から
「複数レイヤを参照」にチェックを入れ、チェックボックス横のプルダウンメニューから
「参照レイヤを参照」を選択すればどの塗りつぶしツールでも同じように塗ることが可能です）
ちなみに参照レイヤに指定した線画レイヤは位置関係
（新規レイヤより上位に存在するか下位に存在するか） に関係なく
塗りつぶしを行うことは可能ですが、新規レイヤのほうが上位に存在する場合は
線画レイヤの線を塗りつぶした色で覆い隠してしまいますから、
線画レイヤを最上位に配置されたほうがよろしいかと。
それと仕上げとなる細かな塗り （影やハイライトなど） の塗り方につきましては
使い方講座で詳しく紹介されていますから、そちらのほうをご覧になってください。
以上、取り留めのないことをだらだらと述べていましたが、少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。