０１３さまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
グラデーション （以下グラデと表記） を使うと絵まで塗りつぶされてしまうとのことですが、
グラデを使用する範囲 （グラデが効果を及ぼす範囲） を指定していないため
キャンバス全体が塗りつぶされてしまっているんだと思います。
ですので
①グラデを使用したい個所を「マジックワンド（同じ色を選択）」や
「矩形選択（形状選択）」などで範囲指定してからグラデを使用する
②グラデを使用したいレイヤの上位にラスタレイヤを1枚新たに作成し、
この新規レイヤにグラデを使用したあと「レイヤ」→「下のレイヤでクリッピング」でクリッピングする
③グラデを使用したいレイヤを選択したあと、「レイヤ」→「レイヤの設定」から
「透明部分をロック」を選択してグラデを使用する
などの方法で必要な個所にだけグラデを使用することができるかと思います。
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
