ご連絡いただき、ありがとうございます。
主線レイヤー以外のレイヤーで色を塗ると、キャンバス全体が塗り
つぶされてしまうとのことですので、塗りつぶしツールが参照している
レイヤーが選択しているレイヤーのみになっている可能性が考えられます。
[塗りつぶし]ツールを選択後、[ツールオプション]パレットにて
[複数参照 すべてのレイヤーを参照]にチェックを入れた状態で
再度塗りつぶしをお試しいただき、現象が改善されるかご確認ください。
また、下塗りの方法につきましては、下記のページでも詳しくご案内を
しておりますので、よろしければご参照ください。
■6.下塗り
よろしくお願いいたします。