IllustStudioでキャンバスを作成した場合は、デフォルトで
白部分が透明になっています。
レイヤーパレットの[用紙]タブで、[用紙]レイヤーの目のマークを
クリックして非表示にすると、透明部分がピンクの格子で表示されますので、
透明部分の認識にはこちらをご確認ください。
なお、線画をスキャンして取り込んでいる場合は、白部分が
透明にはなっていない可能性があります。
その場合は、線画のレイヤーを選択した状態で、[レイヤー]メニュー→
[レイヤーの変換]を選択し、ダイアログで[表現色]を[グレー(8bit)]にすると、
白部分を透明に変換できます。
※カラーで線画を描いていた場合は、無彩色になるのでご注意ください。