レイヤー1の白部分が、透明ではなく白色で塗りつぶし状態に
なっている可能性があります。
その場合、下位レイヤーは白部分ににすべて隠されてしまいます。
レイヤーをすべて非表示にし、[表示]メニュー→[用紙の表示]の
チェックを外すと、透明部分がピンクのチェック模様で表示されます。
この状態でレイヤー1を表示し、白で表示されるようなら、
塗りつぶしがされてしまっている状態です。
該当のレイヤーが黒のみで描画したペン入れなどの場合は、
[レイヤー]メニュー→[レイヤーの変換]で表現色を[グレー(8bit)]に
することで、白部分を透明に変換できます。
彩色を行ったレイヤーの場合は、お手数ですが不要な白部分を
透明で塗りつぶすなどしていただければと思います。
よろしくお願いいたします。