横から失礼します。
＞塗りつぶしを行おうとすると、画面全体が塗りつぶされてしまいます。
とのことですが、以下のように線画レイヤを参照レイヤに設定したあとで「塗りつぶし（主線を参照）」など参照レイヤを参照して塗りつぶしができるツールを使用することで
正しく塗り分けることができるかと思います。
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1.まずイラスタを立ち上げ、着色を行いたいファイルを開きます。
2.次にレイヤパレットから線画レイヤを選択してから
「レイヤ」→「参照レイヤに設定」を選択して線画レイヤを参照レイヤに設定します。
3.参照レイヤに設定ができたら次に「レイヤ」→「新規ラスタレイヤ」を選択して
着色（下塗り）用のレイヤを作成、線画レイヤより下に移動します。
（あとの影やハイライトなどを入れる作業のことを考え、
部分ごとにレイヤを作った（分けた）あとでそれぞれ「レイヤ」→「クリッピングフォルダ化」しておくと便利です）
4.あとは（3）で作成した新規レイヤに「塗りつぶし（主線を参照）」などで塗りつぶしを行えば完了です。
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以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
なっていると思われます。
[パレット]メニューの[ツールセット]を選択し、「ツールセット」パレットを
表示してください。
[編集レイヤーのみ参照]が選択されておりましたら、[レイヤーの複数
参照]を選択し、塗りつぶしをお試しください。