横から失礼します。
「ベクタ用（交点消去）」消しゴムがなくなってしまったとのことですが、
これだけを復活させたいのであれば初期化起動するよりも
「ベクタ用（部分消去）」などをコピーして自分で作ってしまった方が早いかと思います。
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1.まずイラスタを立ち上げ、
消しゴムツールから「ベクタ用（部分消去）」など任意のツールを選択します。
2.次にツールパレット左上の「新規ツールセット作成」アイコンをクリックして
新規ツールセットを作成します。
（（1）で選択しておいたツールがコピーされます）
3.（2）の結果、ツール名などを設定するダイアログが表示されますから、
適当な名前をつけて「OK」します。
4.あとは（2）～（3）で作成した消しゴムツールの詳細を開き
「ベクタ線」の項目から「交点までを消去」を選択すれば完了です。
（ツールの詳細の開き方についてはツールパレットのアイコン上で長押しして
ツール一覧を出したあと、詳細を表示したいツール上で長押しすることで開けるかと思います）
それともし詳細を開いてみても「ベクタ線」の項目が存在しない場合は
折りたたまれているかと思いますので、「効果」の左にある「+」のアイコンをクリックして
展開してみてください。
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以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
ペンなどカスタマイズした情報も初期状態に戻ってしまいますが、
以下の手順にて初期化起動を行うことで、元の状態に戻すことが出来ます。
■初期化起動手順
１．IllustStudioが起動しているときは終了します。
２．[Shift]キーを押しながら、デスクトップ上のIllustStudio 1.0の
ショートカットまたはアプリケーション本体をダブルクリックします。
３．「初期設定をクリアして起動しますか？」画面が表示されるので、[はい]
ボタンをクリックします。
４．[初期化起動]画面が表示されますので、[ツールセット]のみチェックボックスを
有効にし、[OK]ボタンをクリックします。
５．IllustStudio 1.0が起動します。
なお、Windows8でご使用の場合は、こちらから最新アップデータのインストールを
お願いします。
※アップデータインストール後の起動時はアプリケーションディスクの挿入が
必要です。IllustStudioMiniをインストールした白いディスクをお手元にご用意
いただき、操作をお願いします。
お手数ですが、よろしくお願いします。