ありがとうございます！
Notfoundはデータベース再構築の時点で全部消えていたのでOKです。
・・・が、作品一覧上での表記がファイル名のみになってしまいました。それまでは「作品名+話数」でしたが・・・
こっちとも関係があるかも http://www.clip-studio.com/clip_site/support/request/detail/svc/54/tid/79383
あと、作品一覧の中の別フォルダに分けていた作品でしたが、やはりというか「すべての作品」のほうに
再登録されました。
分かる挙動ですが、作品ごとにファイル内にクリップスタジオでの管理IDなど仕込むなどして、
任意のライブラリなりフォルダ（マイピクチャなど）を自動検索するコマンドや、一度見失っても再登録で元の位置に戻るなど、より便利にできたらいいなあと思います。
記録により、表示をされているものとなりますので、CLIP STUDIO PAINT上での
保存ではなく、エクスプローラーで直接作品ファイルの保存場所を移動された
場合は記録との不一致が起き、NotFoundとなります。
作品データベースの再構築は作品一覧に表示される作品情報などのデータに
破損が生じた場合に再構築するものになり、任意にエクスプローラーで直接
作品ファイルの保存場所を移動され、作品ファイルを見失う事でNotFoundに
なったものについて修正をするものではない為、実行頂いてもお手元にて
確認頂いたようにNotFoundの状況は変化いたしません。
CLIP STUDIOを終了した状態で元の場所にデータを戻していただき、CLIP STUDIO
を起動していただくか、移動した先のままで、CLIP STUDIOの作品一覧に表示を
されたい場合は、CLIP STUDIO PAINTにて該当の作品を開いて頂き、ページに
対して新規レイヤーを作成頂くなどして、保存をしていただく事で表示されます
のでお試しいただけますでしょうか。
※その場合同じ作品でNotFoundになっているものと、きちんと表示されている
ものの２つが作品一覧に表示されますので、NotFoundになっているものは
削除していただければと思います。
よろしくお願いいたします。