当方環境にて改めて確認を行いましたところ、
ご指摘いただいた通り、確かにカンバス外の左方に飛び出してしまった
レイヤー1をレイヤー移動ツールにてカンバス内に戻すことができる事を確認致しました。
ですが、以下のような状況にて再び問題が発生しましたので、ご連絡を申し上げます。
(1)ComicStudioを起動、新規ページを作成しベクターレイヤーを1枚作成。
（レイヤー1とします）
(2)レイヤー1に何かを描画する
(ここまで前回の操作(2)までとほぼ同等です。
(3)記録済のアクション1を再生する（レイヤーを3回右に動かす操作）
この時点までは、仮にアクション1でレイヤー1の内容がカンバス外右方へ出てしまったとしても、
[ベクター表示]→[中心線表示]のモードを使用している場合は中心線を確認することができます。
ですがここで、
(4)1度だけ「取り消し」を実行。
この操作(4)を行うと、前回と同様、レイヤー1が左方向に飛び出てしまうのですが、
「本来なら見えるはずの中心線が表示されていない」という状態が発生します。
（この状況を仮に「消失状態」と呼びます）
消失状態となった場合、レイヤーは以下のような挙動が発生するようです。
・レイヤー移動ツールで移動を行うと、消失状態は快復する（描画内容、中心線表示ともに復活する）
・消失状態のままで何かを描画しようとしても反映されない。
・消失状態のままで描画したものはレイヤー移動ツールで快復を行なっても復元されない。
・メニューから「移動と回転→拡大・縮小...」を行うと、レイヤーの描画内容を囲う赤い矩形が表示されるが、
拡大・縮小、あるいは移動などの変形を適用しようとしても無視される。
（前回は、レイヤー移動ツールを使わず、変形によって左に飛び出た描画内容を復元しようと試みたのですが、 この挙動によって当方は「レイヤーの描画内容を復元できない」と勘違いしてしまったようです）
・消失状態はレイヤーごとに発生する。すなわち、新しくベクターレイヤーを作成すれば正しく描画が可能であり、また同様にアクション1再生→取り消しの操作で新しいベクターレイヤーも消失状態となる。
・この状態でドキュメントを保存して再度ドキュメントを読み直しても、消失状態は快復しない。
（「消失状態となったベクターレイヤー」を保存したcpgファイルを作成することもできましたので
可能であればこちらに添付しようかとも考えたのですが、
添付ファイルは画像ファイルのみにしか対応していないようですね…）
環境は前回と変わらず、ComicStudio EX 4.6.1 on Mac OS 10.8.4 になります。
改めてご確認の程、何卒よろしくお願い致します。
こちらでも、お客様と同様にレイヤー移動ツールで、レイヤー移動をアクションに
記憶させ、レイヤー移動の取り消しを行うと、元の位置に戻らなくなってしまう
ことを確認しました。
こちらにつきましては、原因の調査を進め、今後の製品開発にて対応を検討して
参ります。
なお、レイヤー移動の取り消しを行った際に、レイヤー1が完全にカンバス外に
出てしまうと、描画内容をカンバス内に移動させることが出来なくなってしまうと
ご連絡をいただきましたが、こちらではレイヤー移動ツールにて描画内容を
カンバス内に移動することが出来ました。
ご記載のアクションですと、レイヤー移動の取り消しを行うと描画内容が左側の
位置に行ってしまっていると思われます。[表示]メニューの[ベクター表示]→
[中心線表示]のチェックを有効にしていただくとカンバス外のベクター線の中心線が
ご確認いただけます。レイヤー移動ツールで移動を行うことで、描画した内容が
カンバス内に移動することが出来るかご確認いただきますようお願いします。
お手数をお掛けしますが、よろしくお願いします。