ツールオプションのウィンドウが、モニタの外に出てしまっている
などの可能性があります。
[ウィンドウ]メニュー→[パレットの整頓]→[位置を初期化]を選択して、
パレット配置を初期状態にした際に表示されるかどうかご確認ください。
上記を試しても表示されない場合、お手数ですが下記について
お知らせいただけますでしょうか。
・お使いのOSの種類(例:Windows8 Mac OS X 10.9 など)
・お使いのComicStudioのグレードとバージョン
(例:ComicStudioEX 4.6.2 など)
よろしくお願いいたします。